Los órganos asesores de la Fundación de Afectados y Afectadas de Fibromialgia y Síndrome de Fatiga Crónica esta formado por:

• Comité Científico Institucional.  Está formado por los Presidentes de las Sociedades Científicas relacionadas con el Dolor crónico, la Fibromialgia y el Síndrome de Fatiga Crónica, por razón de su cargo institucional. Teniendo en cuenta que la enfermedad y pérdida de la salud, conlleva con frecuencia situaciones de especial vulnerabilidad  (género, discriminación…), también forman parte del Comité personas de reconocida trayectoria en la defensa de los DDHH, en general; de los derechos y la igualdad de las personas con dolor crónico en particular y en todos los ámbitos de su vida personal, familiar, laboral y social.
• Comité Científico Operativo Investigador. Incluye a los reconocidos expertos en Dolor, Fibromialgia y Síndrome de Fatiga Crónica, tanto a nivel nacional como internacional. Algunos de ellos también forman parte de otras entidades y sociedades científicas representativas. 
• Comité Científico Jurídico. Tiene como objetivos principales el estudio de las medidas jurídicas más apropiadas para la integración social de las personas que padecen Dolor Crónico, Fibromialgia y/o Síndrome de Fatiga Crónica, así como su propuesta a cuántas instituciones tengan algún tipo de implicación para su puesta en práctica, lo que incluye  propuestas de medidas legislativa.
• Consejo Académico y Comité Docente Interdisciplinar. Estos dos órganos son los responsables de los programas de formación de la Fundación FF.
  • El Consejo Académico tiene como función principal  la de orientar y dirigir el programa de formación de la Fundación FF, de acuerdo a las necesidades detectadas, a los avances en investigación, nuevos protocolos de atención… así como la realización de Estudios, campañas de prevención y protección de la salud
  • El Comité Docente define y programa los contenidos de los cursos, en consonancia con el colectivo al que va dirigido cada curso: profesionales sanitarios y sociales, cuadros directivos entidades, pacientes y familiares, campañas comunitarias en general.. y configura el cuadro docente idóneo para cada curso. El Comité tiene carácter Interdisciplinar y está formado por profesionales de los ámbitos sanitario, social, jurídico, mediación conflictos, valoración… la mayoría de ellos nombrados por los Colegios Profesionales que forman parte del Comité Científico de la Fundación FF.